本所研究領域包含三大面向，包含野生動物生態與經營管理、保育醫學與遺傳學，及保育人文學。其中野生動物研究包含中大型鳥獸與爬行動物的生態學、生物學、瀕臨絕種物種的復育、外來種及野生動物危害防治等。保育醫學與遺傳的研究對象則更為廣泛，從病毒、寄生蟲、鳥類、陸域哺乳類、蝙蝠、爬行動物至鯨豚皆有涉獵。保育人文則以教育推廣、社區林業、原住民之野生動物傳統智慧與狩獵文化等為主。

本所更於95年度開始，建立了國內第一個，以偵測犬協助瀕臨絕種野生動物生態學研究的工作團隊，此團隊的師生成員正持續成長中。

本校的「屏東保育類野生動物收容中心」則提供學生研究與實習的場域，包含野生動物救援、醫療與照養，及環境教育等。