本所前身為野生動物保育技術系，於86年8月國立屏東技術學院奉准改制為國立屏東科技大學時同時成立。

原系日間部二年制於90年停止招生，並於同年改制為研究所。招生名額由90年度的8人增加到98年度的20人。學生畢業後授予理學碩士學位。

101年8月由農學院改隸獸醫學院，104學年招生名額增為22人。