本研究室成立初期是以保育遺傳為主要研究方向，但歷經多年來的發展，目前的研究方向包括(1)台灣水鹿生態與啃食樹皮行為(https://youtu.be/QW7yB18S5bU)，(2)中大型哺乳動物長期監測與自動相機資料整合平台之開發，(3)狩獵與野生動物族群相互關係之研究，以及(4)阿里山鄒族長期社會生態研究。

台灣水鹿的研究為目前本研究室的最主要方向。由於近二三十年來台灣水鹿的族群量明顯增加，且啃食樹皮的行為也日益普遍(圖1，https://youtu.be/29bS8-FZtHU)，因此本研究室自2009年起即開始調查全台各地水鹿啃食樹皮的現象，並探討其可能的原因。我們發現水鹿啃食樹皮可能與腸胃道的寄生蟲，以及與公鹿茸角期所需的營養有關(https://youtu.be/oI3wqNHRmR0)。而由於水鹿對特定樹種的偏好，啃食樹皮的行為會逐漸改變森林冠層樹種的演替。而不同年齡層公鹿對樹皮需求的差異，也可能造成不同性別、年齡的個體在播遷行為上的不同。啃食樹皮行為的背後成因極其複雜，對生態系造成的影響也非常深遠。藉由對水鹿啃食樹皮行為的研究，本研究室也探討水鹿生態與行為相關的問題(圖2，https://youtu.be/TfiphvijtTc)，這將是本研究室長期研究的目標之一。

圖1。水鹿啃食行為在塔塔加遊憩區造成樹木的傷害。

圖2。硬角期公鹿特有的泥浴行為。

野生動物長期監測能在經營管理上提供重要的資訊，本研究室與嘉義大學與林業及自然保育署長期合作，建立了涵蓋台灣全島的自動相機長期監測網，目前共分為四套監測網絡，包括長期監測網、保護留區、黑熊熱區，以及石虎熱區等，至2025年已經在全台架設超過600台相機，未來將再與高山型國家公園合作，將國家公園納入監測網絡當中。這個監測工作每年都產出野生動物的趨勢報告，可在林業及自然保育署的自然保育網的「計畫成果」中下載。

本研究室自2014年起在嘉義縣阿里山鄉與鄒族獵人協會及獵人們合作執行野生動物長期監測(圖3，圖4)，並發展成為林業及自然保育署嘉義分署的狩獵自主管理計劃，是台灣最早開始推動原住民狩獵自主管理的計畫之一。這項計畫累積了鄒族傳統領域內的野生動物族群趨勢、狩獵量及獵人活動頻度等資訊，對於了解狩獵活動與野生動物族群之間的關係有很大的幫助。2024年起，在國科會的支持下建立了原住民族地區長期社會生態觀測站(LTSER, Long-Term Social Ecological Research)-阿里山站，與台灣大學、臺北大學、宜蘭大學、清華大學、嘉義大學等校合作，將社會面、經濟面的監測納入，以了解在狩獵自主管理的政策之下，生態元素與社會元素之間的交互作用，這也將是本研究室長期投入的計畫之一(圖5)。

2025年起，本研究室也開始投入飛鼠的研究，初步先探討傳統的穿越線調查法與被動式聲音調查法（自動錄音機調查法）所獲得的相對豐度是否一致，目前在福山植物園及阿里山鄉進行研究中。

圖3。本研究室與鄒族獵人合作監測獵區動物資源。

圖4。本研究室與鄒族獵人巡視獵區狀況。

圖5。國科會原住民族地區長期社會生態觀測站-阿里山站成員與鄒族長老及頭目們對談。